Wg mnie, najprostszym narzędziem do tego jest "USB Image Tool".
Nie wymaga instalacji, darmowy i kopiuje dokładne obrazy wszystkiego, od bootowalnych Pendrive, przez CF i inne karty pamięci, po dyski twarde. Używam już bardzo długo i nie miałem ani jednego problemu z tym programikiem. POLECAM.