Nie bardzo rozumiem co chcesz osiągnąć. Po co ma od razu startować WHDLoad? To tylko "wrapper", który służy do uruchamiania gier, jak uruchomisz go "z palca" to nic się nie stanie. Natomiast jeśli chcesz odpalić UAE na rpi tak, żeby bootowała Twoja karta sd to odpowiedź brzmi "tak". Musisz w .uaerc dodać /dev/sdb czy sdc (device karty SD) w sekcji hard drives. No i przed uruchomieniem UAE z konta normalnego użyrkownika dobrze zrobić chmod o+rw /dev/sdb