O 3ware 9550 (to też jest SATAII) wspomniałem tylko dla tego, że używałem go w serwerze plików na linuxie dla studia DTP, które przewalało ogromne ilości danych. Siedział w jakimś serwerze HP na nie retro P4 ~2GHz z 4-roma dyskami 1TB WD RE spiętymi w RAID5. I nic nie zamulało przy gigabicie.

Tak samo nielogiczne wydaje mi się przycinanie zapisu, kiedy odczyt nie jest limitowany. A z ciekawości sprawdź inny protokół, albo nawet na szybko dopal jakiegoś linuxa Live i sprawdź jak lata np NFS oczywiście jak możesz. Może to nie wina sprzętu a zwyczajnie kolejny krytyczny wyjątek w logice systemów Microsoftu. Zwróć uwagę na obciążenie CPU przy odczycie i zapisie. Przy odczycie masz 29% a przy zapisie 50% - czyli jakby zabijało jednego procka na 100%. Może tu gdzieś robi się wąskie gardło.

Tak szukam opisu tego LSI SAS3041X-R - i wydaje mi się, że to prosty HBA, a nie pełny sprzętowy z własnym CPU? RAID budujesz w BIOSie kontrolera czy jakimś dedykowanym softem pod windows, czy bądź w samym windows?.

Jeszcze jedno mi przyszło do głowy - przerwania. LAN i LSI siedzą na osobnych przerwaniach. Może dzielą je z czymś innym w komputerze?