Pewnie dałoby się na Arduino zasilanym z +5VSB na przedłużaczu ATX zmajstrować diwajs, który będzie robił zworę np na 1s co 5s dopóki nie pojawi się napięcie +12V. I podpiąć to do złącza pwr_on na płycie głównej.

Bo poza tym co napisałeś, nic innego mi do głowy już nie przychodzi. Może miałem szczęście, ale moje płyty główne (i gotowe komputery np Della) były przewidywalne po ustawieniu stosownej opcji w biosie.